《高校毕业生就业协议书》与劳动合同是用人单位录用毕业生时所订立的书面协议，但两者分处两个相互联系的不同阶段，表现在：
第五条 毕业生与用人单位对就业协议的成立，有其他约定的，须在就业协议书中注明。例如：用人单位进人需要经人事主管部门核准的，应当在协议书中约定，核准后就业协议成立。
1、主体不同
就业协议适用于应届毕业生与用人单位、学校三方之间，学校是就业协议的见证方或签约方，就业协议对用人单位的性质没有规定，适用任何单位;而劳动合同只适用于劳动者(含应届毕业生)与用人单位(不含公务员单位和比照实行公务员制度的组织和社会团体以及军队系统)之间，与学校无关。
2、内容不同
毕业生就业协议的内容主要是毕业生如实介绍自身情况，并表示愿意到用人单位就业、用人单位表示愿意接受毕业生，学校同意推荐毕业生并列入就业方案，而不涉及毕业生到用人单位报到后，所享有的权利义务。劳动合同的内容涉及劳动报酬、劳动保护、工作内容、劳动纪律等方方面面更为具体，劳动权利义务更为明确。
有的用人单位准备了至少两份合同，其中一份是假合同，内容完全按照有关部门的要求签订，以应付有关部门的检查，可在劳动过程中并不照此执行，真正执行的可能是另一份合同
3、时间不同
一般来说就业协议签订在前，就业协议应在毕业生就业之前签订，而劳动合同往往在毕业生到用人单位报到后才签订。
在实习期间学生并不能享受到工资、最低工资、工伤、社会保险等劳动法法定的保障，双方权利义务基本靠实习协议来自行约定，受教育法规及民事法规的保护。而就业协议指向未来劳动合同，所列明的未来劳动合同内容不得违反劳动法，但为保障劳动关系的建立则可约定违约金，如学生未到单位报到则应支付违约金并签署解约协议以便于下一次就业。
应关注报到日期、未来劳动合同的期限、试用期、薪酬、岗位、福利、违约金等，这些都是未来劳动合同的主要内容，涉及双方根本利益。
第五条 违约责任 双方当事人如违反合同约定，违约方应当对守约方承担赔偿责任．
4、目的不同
就业协议是毕业生和用人单位关于将来就业意向的初步约定，是对双方的基本条件以及即将签订的劳动合同的部分基本内容的大体认可，并经用人单位的上级主管部门和高校就业部门同意，一经毕业生、用人单位、高校、用人单位主管部门签字盖章，即具有一定的法律效力，是编制毕业生就业方案和将来双方订立劳动合同的依据。
三要在劳动合同中明确最低的工资标准，最好能将年终奖用条款固定下来，作为工资的一部分。由于我国暂时没有对年终奖定性，这个法律空白有可能被用人单位利用，将来成为克扣薪水的一种方式;
就业协议书在毕业生到用人单位报到时自动终止其效力;劳动合同的终止条件有两种：一是劳动合同期限届满，二是劳动合同约定的终止条件出现。
劳动合同可以适用与各类人员。凡是中华人民共和国国公民只要有劳动能力并符合法律规定的条件，经过供需见面双向选择，一经录用都可以与用人单位签订劳动合同。就业协议只适用与高校毕业生。
5、适用法律不同
就业协议发生争议，除根据协议本身内容之外主要依据现有的毕业生就业政策和法律对合同的一般规定来加以解决，尚没有专门的一部法律对毕业生就业协议加以调整。而劳动合同发生争议，应依据《劳动法》来处理。
